In der abgelaufenen Spielzeit war für Werder im Achtelfinale Endstation. Bei Rot-Weiss Essen verloren die Bremer knapp nach Elfmeterschießen. Auch Saarbrücken musste in der Runde der letzten 16 Teams die Segel streichen. Mit 1:2 verlor der 1. FC gegen den Büdelsdorfer TSV. Titelverteidiger des DFB-Junioren-Vereinspokals ist der SC Freiburg, der sich im Endspiel mit 4:1 gegen den Karlsruher SC durchgesetzt hat.
Alle Ansetzungen der ersten Runde am 13.08.2006 im Überblick:
1. FC Saarbrücken - Werder Bremen
SV Darmstadt 09 – MSV Duisburg
Karlsruher SC – FC Schalke 04
KSV Holstein Kiel – SC Freiburg
1. FC Magdeburg – VfB Stuttgart
Freilose haben erhalten: SC Vier- und Marschlande (Hamburg), VfL Wolfsburg (Niedersachsen), 1. FC Köln (FV Mittelrhein), TSV 1860 München (Bayrischer FV), TuS Mayen (FV Rheinland), 1. FC Kaiserslautern (Südwestdeutscher FV), FC Energie Cottbus (FV Brandenburg), Hertha BSC Berlin (Berliner FV), FC Hansa Rostock (FV Mecklenburg-Vorpommern), Chemnitzer FC (Sächsischer FV), FC Rot-Weiß Erfurt (Thüringer FV)